アコガメを飼育する水は日光にさらすと1~2日で使用できます。日光の紫外線は塩素ガスの揮発を早めるので、1~2日間だけ焼けばいい。猛烈な日差しがなければ、2~3日間干したほうがいい。ワニガメは水質に対する要求がそれほど厳しくなく、川の水や湖、井戸水、水道水などで養殖が可能だ。しかし川の水や湖の水は汚染されやすく、飼育者は使用前にきれいにろ過する必要がある。水道水には塩素ガスが大量に含まれており、飼育者は干してから使ってもらう必要がある。
ワニガメは1週間に2-3回水を交換すればよいが、水質に対する要求は厳しくなく、少し劣った水でも普通に生活できる。また病害に強く、よほど汚れた水でない限り、健康に影響を及ぼすことはないという。彼らは適応力が高いが、飼育者は定期的に水を交換し、容器内の糞便や不純物を定期的に掃除することが望ましい。きれいな水質を保つことで、成長や発育のスピードも速くなります。
条件があれば、循環ろ過システムを設置することで、水交換の頻度を減らし、水質の悪化を遅らせることができる。
