マスカガメはディープウミガメに属し、野外にいるときは少し深い川や沼に生息し、捕食、摂食、交尾などはすべて水の中で行われる。水面によじ登って日光浴をする以外は、浅い水に出て生活することはめったにないので、彼らは標準的な深水ガメです。
ディープウミガメではあるが、飼育者はあまり深い水中で飼育することはできない。そうしないと、緊張や恐怖の感情を生じさせ、成長や発育に影響を与えることがある。しかも水位が深すぎると換気に支障をきたすだけでなく、水の入れ替えも面倒なので、飼育者は体の大きさに合わせて水位の高さを決めたほうがいい。
上記で述べたように、ジャコウガメは深水で飼うことができるが、幼年のジャコウガメは体が小さく、体力や泳ぎの能力が劣るため、飼育者が深水で飼うことはできない。彼らが成人したら、深い水の中で生活できるようになる。大人になれば深水で生活できるが、飼育者は水位が高くなりすぎないよう注意し、できれば20~30センチ程度でいい。
容器内に十分なスペースがあれば、いつでも上に登って日光浴ができるようにひなたぼっこ台を作りましょう。干し台を設置すれば、適切に水位を深くすることができるが、背甲の3~4倍を超えてはならない。