ジャコウガメは水温が10℃を下回ると冬眠の状態に入ります。彼らは野外にいる時、冬眠は川底の泥の中にもぐり込んでいる。人工飼育では同じような環境を与えることはできないが、飼育者は適当な材料を用意して下に敷き、適当な材料がない場合はタオルや布で代用することができる。湿気のある環境を確保できればよい。
ジャコウガメは冬眠に入ると餌を食べなくなり、飼育者は冬眠に入る前に餌を補給する必要がある。彼らは冬眠に入ると排泄物が減るが、飼育者も定期的に水を入れ替えて水質悪化を避ける必要がある。ジャコウガメは冬眠中に水位を上げすぎてはならず、高すぎる水位は風邪をひきやすいので、冬眠に入ってからの間は水位をあまり深くする必要はありません。
マスカガメは冬眠しますが、冬眠する期間は長くなく、おおむね2~3週間程度で、長くても1か月を超えることはありません。しかし彼らは冬眠して目が覚めてすぐには食事をしないので、水温が15℃前後になるか、冬眠が終わって1−2週間後に食事を始める必要がある。最初の食事はあまり与えず、普段の半分の量を与えるだけでよく、慣れてきたら少しずつ増やしていく。