マスカガメは年齢が小さいとオスとメスを見分けることが難しく、成体になるまでオスとメスの特徴がはっきりしないので、マスカガメのオスとメスを見分けるには、少なくとも生後2~3年はかかる。オスとメスを正確に見分けたい場合は、大人になってから待つ必要がある。大人になると性的な特徴がはっきりして見分けやすくなるからです。
1、体型：ジャコウガメが雄雌であることを見分けるには、最も簡単な方法は体型の大きさを見ることだ。同じ環境で暮らすジャコウガメであれば、体の大きいものは通常メスだが、体の小さいものはオスになる。この方法は最も直感的であり、最も簡単な方法であるが、それらが成熟する前に判断することは比較的困難である。
2、尻尾：ジャコウガメのオスとメスの見分け尻尾の大きさも見ることができ、一般的にメスの尻尾は比較的短いが、オスの尻尾は太い。
3、腹甲：性別によって腹甲も異なり、オスの腹甲は明らかに凹んだ跡があるが、メスは平らで、凹んだ跡がない。
4、生殖孔：生殖孔はマスカガメの雄雌を判断する最も正確な方法であり、雌のマスカガメの生殖孔は円形で、しかも腹甲に近い位置であった。オスの生殖孔は四角く、通常は尾に近い位置にある。
