ジャコウガメは深い水で飼えるが、自然の状態では、比較的水の深い場所に生育するディープウミガメである。家庭飼育では深い水で飼育することもできますが、水が深くなりすぎないように注意しましょう。特に幼年期には、背甲の高さの4倍を超えないように水位を制御するのが一般的です。
水位が深すぎると敏感になり、他のカメを襲う可能性もある。それ以外にも、水面から這い上がれず、窒息する可能性もある。彼らは水中に住んでいるが、肺呼吸をしているので、水中に長くいることはできない。飼育の際には、水の中に置物を置き、水面から這い出るのを補助するのがよいでしょう。
ジャコウガメは淡水のカメで、飼育する水には、いろいろな選択肢があります。その中で最もよく使われているのが水道水です。水道水は取り出しやすくて水質がきれいなので多くの人に好まれていますが、使う前に塩素の除去には注意が必要です。生育に最適な温度は20-28℃で、水中に加熱棒を置くことで生息に適した温度範囲に制御することができる。中性水に適しているため、水を交換する際には、水のpHに注意し、過酸や過アルカリでダメージを与えることがあります。最も重要なのは水質の問題で、飼育する際には頻繁に水を入れ替え、水質をきれいにしなければならない。