ウニは品種が多く、既存の品種は900種類以上ある。規則ウニ亜綱と不規則ウニ亜綱の2種類に分けることができ、この2種類の亜綱には全部で22目、生種は900種以上、224属に属する。我が国ですでに発見されているウニの種類だけでも100種類以上あり、また、ウニには7000種類以上の化石種がある。
ウニの一般的な品種には、馬糞ウニ、ムラサキウニ、北海ムラサキウニ、赤ウニ、ナナカマドウニなどがあります。馬糞ウニは主に日本の北海道以南の地域で生産され、直径は一般的に4センチほど。これらの殻のとげは比較的短いが密で、色は黄緑色をしていることが多い。ムラサキウニは日本でよく見られるウニの品種で、体が大きく、成体になると直径が5~7センチ、色が薄紫色になる。赤ウニの色は赤茶色ですが、生産量が少なく、市場に出回ることはあまりありません。
いいウニを選ぶには、まず、口がふっくらしていて、少し突起があるウニを選びます。このウニはとても新鮮なのですから。口がくぼんでいるものや色が暗いものであれば、新鮮ではありません。次に脂ののったウニを選ぶことです。一般的にウニの外側のトゲが短く太いものは脂がのったものを選び、トゲが細長いものはやせています。最後に色を見て、ウニの種類がたくさんあって、色とりどりのウニは普通は食べられなくて、普通の黒や褐色のウニだけが食べられるのです。