ワニガメはミズガメで、水中での生活を好むが、彼らは飼育する水にあまり厳しい要求をしていない。普通に言えば、川の水や湖の中で生活するのに比較的適しています。原産地では小川、川、湖、沼に生息していたので、川の水で養殖するのは、彼らの習性に最も合っています。ただ現在の環境では、川の水も湖の水も汚染されやすく、飼育者は事前に不純物をろ過し、きれいに処理してから使用する必要がある。さらに現在では川の水や湖の水は容易に入手できず、飼育者は水道水で養殖するという選択肢もある。
水道水は入手しやすいが、水道水には塩素ガスが大量に含まれており、飼育者はそれらを2~3日日光にさらしてから子ワニガメに使用する必要がある。
クロコダイルの段階によって必要な水位は異なるが、幼年期のクロコダイルの水位の高さは背甲の高さと一致することが望ましい。これは背甲の発育にも呼吸にも影響しない。体が大きくなるにつれて、水位の高さも少し上げられるようになります。彼らが成人すると、水位の高さは背甲の高さの2~3倍に抑えられる。干し台や緩やかな斜面を作っておけば、水位を相対的に上げることができる。