ワニガメの皮がむけるのは主に体形の成長によるもので、元の甲羅や皮が現在の体形に耐えきれず、皮がむけることがあるが、これは正常な現象であり、飼育者は心配する必要はない。ワニガメの成長速度は比較的速く、通常は1年に1度脱皮し、毎年6~8月ごろに脱皮が始まる。
ワニガメの脱皮時は飼育者がこまめに水を取り替えてください。脱皮時にも1日1回は淡い塩水に浸すことで殺菌消毒の効果があり、腐皮病などの感染を防ぐことができます。脱皮の際、飼育者はできるだけ栄養価の高い食品を与えることで、脱皮の速度を速めることができる。
ワニガメは成人すると皮むきをやめるが、ワニガメの皮むきは主に体の急成長によるものであることは上で述べたとおりだ。一方、大人になってからのワニガメは体があまり成長しないため、皮がむけることはほとんどない。飼育者は普段から脱皮と腐皮をよく見分ける必要があるが、腐皮の部分はベタベタして臭いがするが、脱皮の部分は黄色か白色が一般的である。