ワニガメはセミミズガメではなく、セミミズガメは水中でも陸上でも生息できるものです。ワニガメが原産地にいた頃は、小川や湖、川、沼など少し深い水域に生息していた。しかも彼らが水中にいることができる時間は比較的長く、大人になってからのワニガメは換気なしで3時間潜水することができる。また、セミミズガメには背中を干す習性がありますが、ワニガメには背中を干す習慣がなく、長年水中で暮らしており、繁殖や捕食以外は水から離れないのが一般的です。ミズガメですが、養殖の際にも日なたぼっこや休息のために這い上がるように日なたぼっこ台を作ってあげたほうがいいでしょう。
ワニガメの成長段階や体型によって、適した水位の高さも異なる。ワニガメはミズガメだが、幼少期にあまり深い水位で飼育することはできず、むせたり溺死したりするリスクがある。幼年期のワニガメは水位の高さを背甲の高さと一致させることができ、成長や換気に影響を与えない。
成人してからは、背甲の高さの2〜3倍に水位の高さを制御することができる。大人になると彼らの水泳能力と体形が増強されるため、深水養殖は彼らの背甲をよりよく発育させることができる。