ワニガメの水位の高さは体の大きさによって決める必要がある。彼らはミズガメで、生まれつき泳ぐ能力が比較的強いため、普通のカメより水位が高くなる。幼年のワニガメは体の高さの1倍の水位に抑えることができるが、幼年のワニガメは十分に成長しておらず、体力も弱いため、水位が深すぎると溺死する恐れがある。
成人になってからのワニガメであれば、水位を上げることができます。成人になってからのワニガメは体が大きくなり、水位が高くなると観賞することができるため、背甲より2~3倍程度高く抑えることができます。容器内のスペースが十分にあれば、飼育者が物干し台を作って換気や日光浴ができる場所を設けるといいでしょう。
ワニガメは透き通った水を好むので、週に1~2回、毎回半分ずつ水を替える必要があります。水の交換はサイフォンでかめの底のゴミを吸い取ってから、干した水を入れるのがベストで、水の交換のついでにワニガメの背甲をブラシで掃除してもいいですが、手袋をしてワニガメに噛まれないようにしましょう。クロコダイルガメは冬眠後は通常、水の入れ替えは不要だが、水質が悪くなってしまった場合も速やかに水を入れ替える必要がある。
