ジャコウガメはカミソリと一緒に交配することができ、ほとんどの飼育者はジャコウガメとカミソリを交配することを選択する。彼らの交配の成功率は比較的に高く、しかも生まれた子孫の体質も比較的に良いからである。飼育者は、カミソリ以外にもジャコウガメをジャイアント・ジャコウガメやタイガー・マスカットなどと交配させることができるが、他の品種と交配して産む子孫の質はカミソリほどではない。
1、適当なカメを選ぶ：飼育者は成長した成熟したジャコウガメを選んで、繁殖を行うことができます。一般的に雄ガメは4~8年で成熟するとされている。母ガメの場合は5~9年かけてようやく成熟する。
2、交尾：繁殖の条件を満たした後、飼育者は雄と雌を一緒に飼育し、温度は25℃前後であることが保証される。ジャコウガメの交尾は水中で行われ、交尾にかかる時間は比較的長い。彼らが交尾する間、飼育者は周囲を静かにし、人の手を介さないようにする必要がある。
3、出産：交尾後しばらくすると、母カメは卵を産み始める。卵を産む際には、雄ガメが雌ガメと一緒に巣を掘り、掘った穴に雌ガメが卵を産み、土で埋めてから立ち去る。
4、孵化：飼育者は産出した卵を専用の孵化箱に入れ、適切な温度と湿度を確保する必要があり、60-80日程度で孵化に成功する。
