黄頭側首亀は水のpHに対する要求は高くないが、彼らはきれいな水の中で生活することが好きで、野生の黄頭側首亀は、すべて水体がきれいな湖、河川或いは沼の中で生存することを選んでいる。家庭で飼育する場合も、水質をきれいにして、より良い生活ができるようにしなければならない。
キイロハコガメを飼育する場合、水の入れ替えは週に2回、気温が高ければ3日に1回、気温が低ければ水質汚染の状況に応じて決める。水を替える前に、容器内の糞便や食べ物の残りかすを取り除いておくと、水質悪化のスピードを遅らせることができる。水を替えるときは毎回半分ずつ入れ替えればいい。飼育している水は、汲みたての水道水では使えず、数日間干してから、使ってもらうことになっています。
キイロハコガメは成長段階によって水位要件が異なる。一般的に、幼少期の水位は低めで、水位の高さと背甲の高さが一致していても、背甲より2~3センチ高くてもよいとされています。体長が10センチになると、水位の高さを少し上げることができる。彼らが成人すると、水位の高さは背甲の高さの2~3倍になる。容器内に干し台や緩やかな傾斜が設けられている場合は、水位をもう少し深くしてもよい。しかし深すぎる水位は水の入れ替えが面倒なので、飼育者は注意が必要です。