マスカガメはタマガメの一種で、卵を産んで子孫を繁殖させる。毎年4~6月には、体が成熟したジャコウガメが交尾を行い、受精に成功した卵細胞と受精に成功しなかった卵細胞がメスの体内で成長する。受精に成功した卵細胞だけが孵化に成功する。受精・発育が完了すると、自然な状態のジャコウガメは、安全で湿気のある場所に登って産卵する。1回に4~6個の卵を産み、年に1~4回ほど産む。一方、人工飼育されているジャコウガメは、人工的に産卵を補助する必要がある。
マスカガメの孵化に成功するには、湿気のある環境と適切な温度を与える必要がある。しかし、水中に放置して孵化させることはできません。自然な状態で育ったジャコウガメであれば、自力で孵化する。家庭で飼育されているジャコウガメの場合は、まず適切な大きさの孵化かめを与え、かめかめの中にタオルを敷く必要がある。25〜28℃の水でタオルを洗った。次にカメの卵をタオルの上に置き、その上にタオルを敷き、タオルも濡らす。最後に飼育筒に温度計と温度棒を加え、水槽内の温度を一定に保つ。しばらくすると、孵化に成功する。飼育中にさまざまな孵化条件が適切でないと、カメの卵が孵化するまでの期間が延びたり、孵化に失敗したりする可能性がある。