マスカガメが成長してから2〜3年後に雄雌を見分けることができる。小さいときは、特徴があまりはっきりしないため、オスとメスの区別が容易ではありません。成長して2~3年後に特徴が現れる。雄亀の尻尾は雌亀の尻尾より太く、雄亀の腹甲には凹んでいる部分があるが、雌亀にはない。また、雄ガメの生殖孔は四角いが、雌ガメの生殖孔は楕円形だった。
発情している間は、オスカメとメスカメを一緒に混養しないほうがいい。雄ガメは発情している間は母ガメを追い続けるため、体に危害が及ぶ可能性があるからだ。
雄ガメと雌ガメの性格は少し違います。ジャコウガメは比較的穏やかなカメであるが、時々かんしゃくを起こすこともある。すると体内の麝香腺からガスが噴出し、他のカメに危害を及ぼす。しかし、母カメと雄カメの性格には若干の違いがある。雄ガメは温和な性格ですが、雌ガメは短気な性格になります。だから授乳の際には、雄と雌を隔離して飼育することができる。亀甲シリンダーの中にガラス板を入れて、それらを分離することができる。
