ジャコウガメが臭いを発するのは、攻撃を受けるとすぐに悪臭のする液体を放出するが、人工繁殖の大部分はこの液体を分泌せず、臭いが出ることもまれであるため、驚いたり妨害されたりしている可能性がある。ジャコウガメの臭いの問題を解決するには、まず液体を分泌させないようにし、普段から周囲の環境を静かにし、水を入れ替える時の動作を軽くし、頻繁に持ち上げて観察しないようにすることで、彼らが驚くことを減らすことができるかもしれない。
水質が悪すぎる可能性もあり、長期間水を交換しないと、水の中に食べ物のカスや糞が多すぎると、水が臭くなることがありますが、ジャコウガメもその水の中で長期間生活していれば、当然臭くなります。飼育者は速やかに水を交換し、毎回餌を与えた後に餌の残りかすを掃除した後、循環ろ過システムを設置することで、きれいな水質を保証することができる。
ジャコウガメは水に対する要求があまり高くなく、飼育者は水道水を使用してそれらを飼育することができ、使用する前に水道水を2~3日間晒してから、ジャコウガメに使用する必要がある。ジャコウガメの水質は中性に保たれていればよく、彼らは特殊なpHを必要としない。普段は1週間に2−3回交換することが望ましいが、1回の交換量は総水量の3分の1に抑え、条件があれば循環ろ過システムを設置し、水質を清潔に保つことができる。
