ジャコウガメの水深は体の大きさによって决めなければならないが、生まれたばかりの子ガメであれば、水位は腹甲以下が望ましい。この時点では彼らの活働能力や水泳能力はまだ完全ではなく、水が深すぎると溺死しやすいからだ。生まれてからしばらく経った子ガメであれば、水位は5~10センチになりますが、この時点ですでに自由に動けるようになっているので、少し水位を上げても大きな影響はありません。
育成年のカメは、水位を20~30cmに抑えることができ、これにより深水の習性を満たすことができ、水質も悪化しにくい。容器内のスペースが許せば、小石や木を使って日なたぼっこ台を作ってあげて、普段から休憩したり、日なたぼっこをしたりしてあげましょう。スペースが小さければ、毎日水からすくい上げて、しばらく日に当てて戻すといいでしょう。
ジャコウガメは冷水亀であり、それらの原産地はカナダの南部やアメリカの北東部であり、水温はあまり要求されない。しかし、水温が低いと食欲減退や成長の遅れなどの問題もあるため、飼育者は水温を21℃以上に保つ必要がある。しかし冬場に気温が10℃を下回ると、飼育者は加温をやめて冬眠させることができる。
