ジャコウガメは泳ぐことができて、しかもそれらの水泳能力は他のカメに比べて比較的に良いです。ほとんどのカメは泳ぎますが、カメは魚と違って肺で呼吸しているので、ずっと水中にいることはできず、タイミングを決めて水面まで泳いで換気する必要があります。ジャコウガメも同じで、彼らはみな深い水の中に住んでいるので、泳ぎの能力も少し強いです。しかし、生まれたばかりのジャコウガメは深い水中に置くことができず、体力不足のため、途中まで泳ぐと体力が尽きてしまう恐れがある。
ジャコウガメはディープウミガメで、彼らはディープウミガメですが、人工飼育の際には水位に注意が必要です。特に生まれたばかりのジャコウガメは、水位が深くなりすぎず、5~10センチの間に抑えた方がよく、体の大きさに合わせて水位の高さも調整しなければならない。成人してからの水位は少し深くてもよく、20~30センチ程度でよい。冬になると、ジャコウガメは冬眠に入り、飼育者は湿潤な冬眠環境を与えるだけでよく、水位はあまり深くなくてもよい。ジャコウガメはずっと水中にいることはできず、毎日岸に登って日光浴をする必要があるが、飼育者は容器内に日光浴台を設け、日光浴をする場所を設けることができる。
