肺は多くの動物が持っている器官で、呼吸器に属します。呼吸器としては肺の方が呼吸効率が良い。しかし、すべての動物が肺呼吸をしているわけではなく、爬虫類、鳥類、哺乳類など、一部の比較的高等な動物がこのような比較的高度な構造を持っている。魚類に比べると下等な動物で、肺という高度な構造を持っていない。ドジョウは硬骨魚類に属する魚類の一種で、他の魚類と同様に肺を持たず、肺を使わずに呼吸する。彼らの主な呼吸器官はエラで、ほとんどの魚もエラを使って呼吸をしている。
前述したように、ドジョウには肺がなく、えらがあり、他の魚と同じようにえらで呼吸をする。ドジョウは比較的特殊な魚で、特殊なのは呼吸器にも現れていることだ。ほとんどの魚の呼吸器官はエラだけだが、ドジョウの呼吸器官はエラだけではなく、皮膚や腸壁が補助呼吸器官となっている。
ドジョウは水の中にいるとき、主にエラで呼吸する。ただ、水中の酸素が不足すると自発的に水面から飛び出したり、ドジョウが水から離れると腸の壁を駆使して呼吸をしたりする。このとき、ドジョウは空気をそのまま飲み込んで中の酸素を取り込み、排気ガスは肛門を通って排出します。ドジョウはこの性質を持っているので、水から離れてもしばらくは生きられるが、湿潤な場所で生活しないと正常な呼吸にも支障をきたすことになる。