総じて、花亀と草亀の違いは明らかではなく、主に外見から見分けることができます。判別するときは、首を見ることができます。花亀と草亀の首は黒いが、花亀の首には細い筋状の黄色の模様があるのに対し、草亀の首の模様は点状で不規則に分布している。首の違いはそれらの主な違いです。また、習性にも違いがあります。草亀はもっと肉食で、大人になるとたまに菜食を食べます。花亀は肉も肉も食べる。両者に比べて、草亀の成長速度はもっと遅い。また、大人のオスの草亀は墨化現象があり、体全体が黒くなる可能性があります。花亀にはこのような現象はありません
原則、2種類の亀は混養することができます。花亀と草亀の間には体型の差が大きくないので、大亀が小亀をいじめる問題は簡単には起こりません。また、どちらのカメも性格が温和で臆病で、自分から相手を攻撃することはありません。また、2種類のカメが飼育しているカメの食糧も同じで、食事にあまり気を使う必要はありません。そのため2種類の亀を一緒に飼うことができるが、領地意識が生じることで亀と亀の間でかみ合いが生じることにも注意が必要である。