水槽の糞が分解するまでに2~3日かかるのが一般的です。分解の時間は通常その成分と関係があり、デンプンの含有量が高いほど分解速度が遅くなる。それにかまくらの中は濾過システムが良いと分解も加速しますし、速いと半日で十分です。また、シリンダー内に造波機を加えることができ、魚の糞を割ることができ、分解の時間を速めることもできます。
1、道具魚を飼う：水槽内の糞を掃除するには、道具魚を飼うのが一番簡単な方法だ。例えば、掃除夫や、糞を食べる水生動物、例えば黒殻エビを飼うこともできる。食べるけど排泄もするので、一時的に解決するだけで、根本的な処理はできないので注意が必要です。
2、水替え掃除：魚を飼うには水替えが必要で、水替えの際に水槽内の糞を掃除することもできます。ポンプで底から水を抜くこともできますし、サイホンで水を排出することもできます。そうすれば、シリンダーの底の汚れをきれいにしてから、シリンダーの壁から新しい水を引けばいいのです。
3、ろ過を強化する：ろ過システムが良ければ、異養菌が糞を分解し、発生したアンモニア性窒素が硝化細菌に変換され、魚に無害な硝酸塩になり、水草にも吸収され、成長にも役立つ。
