草亀は水が苦手で、彼らは半水亀で、普段ほとんどの時間は水中で活働している。泳ぐ能力はミズガメに比べると弱いが、野生のクサガメも水中では普通に活働できる。飼育している草亀が水に弱い場合は、水質が悪すぎる可能性があるので、飼育者は速やかに水を交換し、水質を清潔に保ったほうがよい。水温が低すぎたり高すぎたりする可能性もあり、飼育者は水温を25℃前後に保ったほうがいいという。
草亀は成長段階によって適切な水位の高さが異なり、飼育者は体の大きさに応じて水位の高さを決定することが望ましい。幼年期の水位は、生まれて間もないため、体力や泳ぎの能力が劣る上、環境への適応力が劣り、水位が深すぎるとむせることや溺死するだけでなく、水温や水質の制御も容易ではない。
ソウガメの体形が大きくなるにつれて、飼育する水位の高さも大きくしなければならない。体が成長すると、水位の高さを背甲の高さの1~2倍に抑えることができる。大人になってからのソウガメは体力も泳ぐ能力も強くなり、環境への適応力も高いため、水温や水質を厳しく管理する必要がなくなるからだ。
草亀は成人すると比較的深い水中で生活することができるが、飼育者はあまり深い水中で生活することはできない。飼育者が少し深い水で飼育したい場合は、容器内に干し台を作ったり、緩やかな傾斜を作ったりするとよい。
