1、色違い：草亀の成人後の色はおおむね黒色であり、また墨化遺伝子を持つ草亀は成人後に墨亀になる。コガメの色はほとんどが茶色や栗色で、背中の甲が黒くなることはあるが、皮膚や目は黒くならない。
2、腹甲の違い：クサガメの腹甲の斑紋は黒い板状であり、ハナクサガメの腹甲の斑紋は四角である。
3、首の違い：草亀の首には点状の斑紋があり、ハナガメの首には線状の斑紋がある。ハナ雑草ガメのまだら模様は、断続的に線状になっているものもあれば、一本一本の線状になっているものもある。
1、食物の違い：草亀とハナガメは雑食性の動物であるが、草亀は成人してからは菜食に偏り、ハナガメは動物性飼料を好むため、両者の食物に対する要求は異なる。
2、模様の違い：草亀の頭の両側の模様は黄色で、ハナガメの頭の両側の斑紋は明るい緑色である。また斑紋の形も異なり、草亀は点状、ハナガメは線状である。
3、成長速度の違い：草亀は成長速度が遅く、成人してからの体の大きさが小さい。ハナガメは比較的成長速度が速く、大人になるとソウガメよりも体が大きい。
