ワニガメは体の大きさによって生活する水位が異なり、飼育者はその体の大きさに合わせて飼育する水位をコントロールしたほうがよい。通常であれば、生まれて間もないワニガメの水位は少し浅く、水位の高さは背甲の高さと一致する。ワニガメは生まれて間もないため、体力や泳ぎが劣るため、正常に生存するには浅い水位が必要となる。体の成長に伴い、水位の高さを背甲の高さの1倍に抑えることができるようになった。
体形が成熟すると、飼育者は背甲の高さの2−3倍に水位の高さを安定させることができる。深い水は彼らの背甲をよりよく発達させることができ、また活動のための空間も十分に確保できるからだ。飼育者が干し台や緩やかな坂を作ってあげていれば、水位の高さを少し上げて、彼らが生活する水位を自由に選べるようにすることができる。
クロコダイルの原産地は気温が比較的高いため、少し深い水温でも生活することを好む。人工養殖の場合、水温を20-33℃、条件が合えば25-28℃に保つことができる。この温度帯では食欲や活動量が最も高いため、成長・発育のスピードも最も速い。