子ワニガメは深水で飼えるかどうかは生活の段階によるが、普通に言えば、幼年期の子ワニガメは、体が小さいだけでなく、水泳能力も体力も強くないため、深水で飼うことはできず、もし彼らを深水で養殖すると、むせたり溺死したりする可能性が高い。なので幼少期は浅い水で飼育したほうがいい。体が大きくなるにつれて水位の高さを上げることができる。大人になったら、深い水の中で飼うことができます。彼らは深い水の中で生活することができますが、人工養殖と野生の子ワニガメには一定の違いがありますので、飼育する水位も特に深くすることはできません。
ワニガメは段階によって必要な水位の高さが異なり、幼年期のワニガメの水位の高さは背甲の高さの1倍あるいはちょうど背甲を越えない程度に制御することができる。体が大きくなるにつれて、飼育の水位も上げなければならない。彼らが成人した後、水位の高さは背甲の高さの3倍に制御することができて、このように水位が适当であることを保証することができて、またむせる水の情况が現れないことができます。少し深い水位で飼育したい場合は、容器内に干し台や踏み台を設けるか、浅い水域を直接設けることで、いつでも水面に上がって換気できるようにしてもよい。