マスカガメは大人になってから、深水に入れて飼育するのが一番いいです。まず、彼らの幼年期の体が小さくて、体力が劣っていて、早く水の上に登って換気することができません。次に、人工飼育されたジャコウガメは野生のものに比べて水に弱いため、飼育者は体が小さいときは深水で飼育することができない。
成長したら、深い水を使って飼育することができますが、あまり深い水を使ってはいけません。そうしないと、むせたり溺死したりすることがあります。水位の高さは20~30センチ程度に抑えるのが望ましいが、容器内に緩やかな傾斜や干し台がある場合は、水位の高さをもう少し上げてもよい。飼育者は体の成長に応じて水位を上げることもでき、これにより彼らは深水の環境によりよく適応することができる。
マスカガメの体の大きさは一律ではありませんが、マスカガメの品種はミシシッピマスカガメのように大人になってからの体長が8~12センチ程度と小型のものが多いためです。大手のジャコウガメは、成体になってからの体長が8~13.5センチと、大きさもそれほど大きくない。しかし、巨大なジャコウガメのように体の大きな品種もあり、大人になってからの体長は40センチ前後になることが多い。
ジャコウガメの体型は品種に加え、性別にも大きく影響される。一般的に、母ガメの方が体が大きく、雄ガメの方が体が小さいと言われています。