大鰐亀の成長段階によって、異なる水位で飼育する必要があり、具体的に成人後の大鰐亀はやはり深水養が最も良いので、野生の大鰐亀はすべて生活水位が比較的深い水域の中ので、それらは深水亀に属する。人工飼育の場合は、深い水で養殖した方が、本来の環境をよりよくシミュレートすることができます。浅い水で飼うと、背甲の発育に影響が出る。
幼少期、オオワニガメは生まれて間もないため、環境への適応力が悪く、体力も十分ではないため、浅い水を使って飼育することが望ましいが、深い水で飼育すると、むせたり溺死したりすることがある。
上記で述べたように、オオワニガメは段階によって水位の高さが異なるので、以下に詳しく紹介します。
1、幼年期：幼年期のアニガメは体力がなく、泳げないため、水位の高さは背甲より2cm以上か、ちょうど背甲を越えていない程度に抑えられていた。頭を上げたり背伸びをしたりすると、新鮮な空気を吸うことができます。
2、成体：すでに成体になっているオオワニガメであれば、深水で飼育することができる。しかし水位の高さも高すぎてはならず、背甲の高さの2−3倍に水位の高さを抑えることができる。
