ジャコウガメが産む卵の数は比較的少なく、その数は基本的に2〜15個の範囲内である。毎年春と夏に卵を産み、一般的には2個か3個の卵を産み、1個の卵の数は1~5個の間だ。他のカメ類とは異なり、卵を産む数はほとんどが20個以上と多い。マスカガメが産む卵の量は最大で20個以下、多くは15個以下だ。卵を多く産ませるには、外部環境の温度に気を配りながら、メスの体質を高めなければならない。メスに高タンパクで栄養価の高い餌を日常的に与えることで、成長を助け、卵を産む量を多くすることができる。
ジャコウガメが繁殖する季節は一般的に春と夏です。春の気温で万物がよみがえるこの季節に発情する動物が多いので、特に繁殖に適しています。この季節は天然餌も多い。気温が高い夏は、マスカガメの新陳代謝が上がり、食べる量が多くなるため、繁殖にも一役買っていると考えられています。ジャコウガメは夜間に活動するため、繁殖も夜間に行われるのが一般的だ。