リュウグウノツカイの水カビ病の原因はいろいろありますが、例えば輸送、漁獲や飼育の過程で、リュウグウノツカイが外傷を受けて、すぐに治療していないと、それらが水カビに感染することになります。水温が急変した可能性もあり、水温の変化によってリュウグウノツカイの抵抗力が低下し、ミズカビにも感染しやすくなる。また、水質が悪すぎると細菌が繁殖しやすくなり、ミズマイシン病になってしまうこともあります。
ミズカビ病は、前期は症状があまりはっきりしませんが、中期に感染した部位に白いくだができたり、後期に重症化すると、患部にうろこがむき出しになったり、ただれたりするなどのトラブルがあります。リュウグウノツカイも泳ぎが遅く、表情がだるくなることがある。
リュウグウノツカイが水カビ病にかかった後、水カビ病専用の特効薬を使うことができ、この薬を使うことで、特に重篤な水カビ病でない限り、すぐに治ることができます。飼育者は特効薬の説明書に従って使用することができる。治療前には水温を30−33℃まで上げ、毎日水を交換し、酸素を採取し、条件が整えば濾材を取り出す必要がある。その期間はそれらの病状によって徐々にエスカレートしてくる。薬による治療を7日間続け、リュウグウノツカイの状態が良くなった場合は治療を中止し、1週間ほど待ってから餌やりを行うことができます。よくならない場合は、専門の獣医学部で治療することになります。