メダカの繁殖能力は比較的に強く、環境が适当であれば、それらの繁殖は季節と時間の制限を受けない。メダカの雄は発情すると両目の中央に黒い線ができ、腹びれも黒くなるため、雄が縄張りを取るが、卵を持たない雌や発情していない雄は前に出て追い払い、卵を持っている雌は前に出て交尾する。交尾が成功してから2~3日で雌が産卵するが、雌が産卵した後、飼育者は産まれたばかりの卵を食べないようにできるだけ早くすくい上げる必要がある。卵は安定した環境下で8~14日ほどでふ化することができ、ふ化に成功した小魚はすぐに餌を与える必要はなく、自由に動けるようになってから餌を与えればよい。
メダカは繁殖スピードが速く、比較的快適で安定した環境で生活していれば、2~3日程度で1回産卵でき、しばらく休養した後、繁殖を続けることができます。1年に何度も繁殖するので、飼育者が大量に繁殖させるためには、卵を産むメスを入れて、産卵したメスを入れて戻すと、卵の安全性が保たれ、他の魚の生活に影響を与えない。
