成人のムスカガメは浅い水で飼うことができなくて、彼らは深い水が好きで、しかも彼らは野外の時は深い水の中で生活しているのです。浅い水で飼育すると背甲が変形するなどしてしまう上、浅い水で飼育すると水質が悪くなりやすいため、成体になったジャコウガメは深い水で飼育するのが望ましいという。生まれたばかりの小麝香は浅い水で飼うことができます。体が弱く、体力がないため、深い水から水面に上がってきて呼吸することができないため、浅い水で飼う必要があります。しかし体が大きくなるにつれ、飼育する水位も徐々に増加しなければならない。
ジャコウガメは深水亀に属し、比較的深い水環境に生息することができるので、人工飼育の際には深水で飼育することができる。深水ガメだが、水位が高くなりすぎないよう、背甲の高さの4倍を超えないようにしなければ、緊張や恐怖、敏感な状況になる。だから幼少期のジャコウガメの水位は5~10センチの間に抑えたほうがよく、大人になってからの大型のジャコウガメは20~30センチの水位に抑えることができる。冬眠後は水位を下げることができるが、水位が深すぎると冬眠に支障をきたすため、飼育者は冬眠環境が湿潤であることを保証すればよい。