ムコウガメは沈下飼料を食べるが、普段は水底で餌を探して活動しているため、浮上飼料を与えると餌を食べないか、直接餌が見えなくなる可能性が高いので、沈下飼料を与えることが望ましい。もちろん、一定期間訓練すれば、浮いたエサを食べることもあります。飼育者が浮いたエサを食べさせるためには、小さなピンセットで餌を挟み、水面に登って食べるように誘導することができるが、おそらく何度か訓練をすれば、浮いたエサを食べることに慣れてくるだろう。
ジャコウガメは合成飼料を食べる以外に、最も好きなのは動物性飼料で、彼らは野外にいる時にいくつかの昆虫、カタツムリ、ザリガニなどを食べるのが好きで、野外の食べ物は比較的に不足して、しかも彼らが捕まえることができる食べ物はもっと少ないです。家庭で飼育すると、牛肉、鶏の胸肉、動物の内臓、小魚、小エビなどを与えることができます。これらの食品に含まれるタンパク質と脂肪の含有量は高く、彼らが日常的に必要とする栄養の大部分を満たすことができます。動物性の餌を好んで食べるが、飼育者がこの餌だけを長期間与えることはできず、栄養が偏った状態になってしまう。定期的に野菜や果物などを与えてビタミンを補給し、栄養バランスを保つ必要もある。
