循環ポンプ付き水槽の水の入れ替えは、1〜2週間に1回程度が一般的である。循環ポンプはろ過効果があり、水質維持の一助になるので、水の入れ替えはあまり頻繁に行わなくてもいいのですが、水の入れ替えサイクルが長いので、水の入れ替え量も大きめにして、通常は1回に3分の1程度を入れ替えることで、より持続的に水質を維持することができます。また、初心者は必ず眠くなってから使うようにしましょう。
1、補助濾過：循環ポンプの主要な作用は補助濾過である。水槽の中の水を流すことができ、不純物を集めることができる一方で、濾材を通過する際にろ過する役割を果たす。水が流れないと、ろ過の効果が大きく損なわれたり、まったく効かなくなったりします。
2、活働の促進：魚は水の中で生活していて、水の流れもそれを促進することができて、ずっと泳いでこそ水流に流されないことができます。魚が泳いでいるからこそ新陳代謝が上がり、消化もよくなるので健康に役立ちます。病気になる可能性も低くなります。
3、水質の維持：水の循環は水質の維持にも一定の助けがあり、流れて腐らないと言われるが、微生物の生長繁殖は一定の制限を受け、また流れている水は硝化細菌にも助けがあり、水が静止していれば硝化システムも崩壊しやすい。
