水槽の中に緑藻を見ると、最も簡単な方法は人工的に整理することである。魚を別の場所にすくい出して一時的に飼い、シリンダーの壁や底に付着している藻を剃刀や柔らかい布で取り除きます。注意しなければならないのは、この方式は速いが、根本的な治療はできないし、予防に注意しなければ、すぐにまた生えてくるということだ。
定期的に藻を掃除するのが面倒だと思ったら、藻を食べる生物を飼うことができます。最もよく見られるのは魚を掃除することです。例えば、掃除夫、コケネズミなどです。このほか、螺貝や海老にも藻を食べる習性がありますが、魚と混養するにはリスクがあります。
薬物による藻の除去は一般的に家庭の養魚にめったに使われず、薬品の使用はやはり使用量をコントロールするのが難しいため、魚の健康に対して一定のリスクがある。よく使われる藻除去剤はグルタルアルデヒドと硫酸銅の2種類があり、どちらも良い効果がありますが、混合してはいけません。そうしないと失効します。
藻類の爆発を避けるためには、必ず源から治さなければならない。藻類の繁殖を抑制する方法は2つあり，1つはろ過を強化することで水中の有機物を減らすことができるが，もちろん投与を減らすことで同様の目的を達成することができる。もう一つは適当に日陰を遮ることで、藻類の爆発は光から離れないので、日陰を遮ることで成長を制限することもできます。
