ジャコウガメの餌やりの頻度は、それぞれの成長段階に応じて決める必要があり、幼年のジャコウガメであれば1日1回、気温が高い場合は1日1回餌やりをする必要がある。子ガメは発育の段階にあり、その成長発育を助けるために栄養価の高い餌を大量に必要とするため、子ガメの段階で何度も与える必要があるからだ。成人してからのジャコウガメは1週間に2-3回餌を与えることができるが、この時点ですでに成人しているため大量の栄養を必要とせず、餌を与えすぎると消化不良や栄養過多などの問題も生じる。
ジャコウガメは雑食性のカメで、どんな食べ物でも食べることができるが、彼らは肉食を好み、野外にいる時はカタツムリ、ザリガニ、昆虫などの食べ物を食べることが好きで、家庭で飼育している時は小魚、小エビ、赤身肉、動物の内臓などを選択して与えることができる。飼育者は動物性飼料だけでなく、植物性飼料や合成飼料も定期的に与え、栄養バランスを保つ必要がある。動物性飼料は葉物野菜や果物を選ぶことができます。合成飼料は、普段は水底で活動しているため、浮上した飼料は容易に入手できず、また餌が見えなくなる可能性があるため、沈下したものを選ぶのが望ましい。