クロコダイルガメは冬眠する必要があり、水温が15℃を下回ると冬眠を始める。ワニガメは冬眠に入ると食事を止めるが、排泄システムは止まらないため、飼育者も定期的に水を入れ替える必要がある。冬眠後も飼育者は水位を下げる必要があるが、水位が深すぎると溺死しやすいため、背甲以下にすることが望ましい。
また、水温は5〜10℃であることが必要である。もしワニガメが冬眠前に精神的な不調や感染症を起こした場合は、加熱棒を使って恒温し、彼らが冬眠に入らないようにすることをお勧めします。ワニガメが病気になって冬眠に入ると、かなりの確率で死んでしまう。幼少期のワニガメであれば、冬眠に入らなくてもいいが、冬眠後は周囲の環境がコントロールできず、成長・発育にも影響するためだ。
ワニガメが冬眠を終えるのかは気温と関係があり、一般的に水温が15℃を超えると冬眠を終え、ゆっくりと目覚め始める。野生に生息するワニガメの場合、3月ごろに冬眠を終えるのが一般的だ。ワニガメは冬眠が終わったばかりの頃は食べることができず、気温が20℃に達した頃に口を開いて食べる必要がある。ワニガメは食べ始めのうちは食べる量をコントロールし、与えすぎて胃腸の不調を起こさないようにしましょう。