ワニガメを飼育する場合、水質をきれいにすることが重要であり、水質が悪すぎると病気になることがある。水質をきれいに保つにはどうすればいいのか、水交換の問題がかかわってきます。数日に1度、ワニガメに水を入れ替えるが、これはカメのかめが大きいかどうか、かめの中にろ過システムがあるかどうか、飼育密度が大きいかどうかなどから見ている。
一般的には、ワニガメの水交換は3~4日に1回程度で済む。飼育かめが大きければ、その週に1回は水を入れ替えてあげてもいいかもしれません。飼育筒の大きい水の養分で十分であり、代謝老廃物も希釈されている。もし飼育筒の中にろ過システムがあれば、その2週間に1回は水を入れ替えてもいいのですが、ろ過システムは飼育筒の中の水を物理的、化学的、生物的にろ過し、きれいな水質を保ちます。しかし飼育密度が高くなりすぎると水質が悪くなりやすく、1−2日に1回は水を入れ替える必要がある。
ワニガメの水替えをする際には、まずワニガメを取り出して比較的深い容器に入れ、はい出して走り回らないようにします。次に容器の3分の1の水を取り出しますが、取りすぎると、水質に影響を与え、それらにダメージを与えてしまいます。その後、塩素を除去して元の水質とあまり変わらないように調整した水道水を注ぎ、最後にワニガメを飼育かめに戻すだけでよい。
