クサガメは甲羅を変えることができ、これらは幼少期に最も頻度が高い。背甲ではカバーできないほどの大きさに成長しているからだ。幼年のクサガメは体の成長速度が最も速く、1年に1度甲羅を替えるのが一般的だ。大人になると殻を変える時期は一定ではありませんが、殻を変える前に食欲が増すなどの兆候が見られます。草亀はけがをした後に甲羅を交換することもあるが、背甲全体を交換することはなく、けがをした場所だけを交換するのが一般的で、その際に飼育者は殺菌消毒に注意し、再感染しないようにする必要がある。
クサガメの甲羅交換の時間は一定ではなく、数日から3ヶ月まで様々で、一般的に体質がよく、食物が十分なクサガメの甲羅交換の時間は比較的に早く、大体数日から十数日で甲羅交換が完了する。体格の悪いクサガメは甲羅替えの期間が少し長くなるが、長くても3カ月を超えることはない。
草亀の甲羅替えは、広い面積が抜けるブラジル亀とは異なり、草亀の甲羅替えは背甲の縁から、ゆっくりと抜ける。クサガメの甲羅を交換する際、飼育者は速やかに栄養、特にカルシウムを補給する必要がある。飼育者は卵の殻などカルシウムを多く含む食べ物を与えることができ、殻の交換に成功した後も保護を強化しなければならない。殻を交換したばかりの草亀は比較的脆弱で、より多くの栄養補給が必要だからだ。
