魚類はすべてえらで呼吸することができる。陸生動物が肺で呼吸するのと違って、魚のえらは水の中でしか働かない。鰓蓋の下には鰓があり、鰓には血管が密に張り巡らされている。鰓部を水が流れると、水と血液の流れの方向が逆になるため、効率的なガス交換が行われ、酸素が得られ、二酸化炭素が排出される。
はえらのほかに、補助呼吸器官を持つ魚もいます。その中でアフリカ肺魚は魚の浮き袋に頼って呼吸することができます。肺魚と呼ばれるのは、魚の浮き袋の構造が特殊で、肺に似ているからです。中央腔の周りは小気室で、小気室内には複数の小気嚢があり、酸素を貯蔵することができ、水を離れた後もしばらく呼吸を続けることができます。
弾塗魚は温暖な沿岸に生息する小型魚類で、一般的に沿岸の浅水区に生息し、干潮時になると、地面で餌を探すことができる。この魚が水から離れても死なないのは、皮膚と口腔粘膜が呼吸をしているからだが、干す前に水に戻す必要がある。
川、湖及び水田の底層に、ドジョウという魚類が生活しており、それらは昼から夜にかけて出て、強い適応性を持っており、水体が酸欠の時、この魚は水面に泳ぎ、空気を腸管に飲み込み、呼吸を行うことができる。池が干上がる前に、泥の中に潜れば、それらは生き続けることができる。