魚はエラで呼吸する。彼らは水中に生息しているため、水中から酸素を取り込まなければならず、魚のエラのような器官が必要になる。水流が通過すると、鰓糸の中に張り巡らされた血管が水流と接触し、ガスの交換が行われる。いったん水から離れると鰓糸が癒着して酸素を取り込む役割を果たせなくなるため、次第に酸欠で死んでいく。ただ、補助呼吸器があり、離水後もしばらく生き残る魚もいる。
1、魚の浮袋:魚の浮袋は硬骨魚の標識器官で、それは主に責任を調節して魚の体内の気体、それによってその密度を変えて、こうすれば水中で浮上と潜ることができます。しかし、アフリカの肺魚の場合、浮袋には別の役割があり、酸素を蓄えて呼吸することができる。
2、皮膚:大西洋北西沿岸地域には、ムツゴロウの一種が存在し、水中で生存するだけでなく、水から呼吸することもでき、皮膚と口腔粘膜に頼っている。しかもその特殊な構造によって、陸上で運動したり、木の上に飛び降りたりすることもできる。
3、腸:浮袋や皮膚で呼吸するほか、腸を使って呼吸する魚もいます。例えばドジョウもその一種です。主に水の底に生息し、泥の中にもぐり込むのが好きで、少量の水分があれば普通は死なない。