水槽に苔が生えないようにするには、まず光をコントロールすること。通常、水槽は日当たりの良い場所に置かないようにしている。長時間の日焼けは寿命に影響し、苔など様々な藻類の成長を加速させる。しかし魚の健康にも一定の光が必要なので、シリンダー内に専用のアクアライトを取り付け、毎日6−8時間の時間を照射することができる。
苔の成長にもシリンダー内の栄養素は欠かせないが、その源は魚食であり、給餌を減らすことで、その繁殖にも一定の制限作用を及ぼすことができる。通常、魚に餌を与えるのは少量を複数回、間に一定の間隔を空け、さらに午前9時以降から午後4時前まで、食べたくなるような適温にすることで、残餌を減らす。
除藻剤は、シリンダー内の様々な藻類に対して殺藻作用があり、苔も例外ではなく、使用量をコントロールすれば、同様に生育予防効果がある。常用の除藻剤は通常グルタルアルデヒドあるいは硫酸銅であるが、両者を混用してはいけないので注意が必要であり、そうしないと故障することがある。
食藻魚は苔に対しても一定の制御能力があって、例えば黒線飛狐、小精霊魚、苔鼠など、それらが水槽の中にあって、苔も生長することができなくて、しかしある魚は藻類の食べ物を食べて、だから苔がなくて、やはり藻類を与えて餌にしなければならなくて、さもなくばすぐに餓死することができます。
