1、飼育密度を減らす：ワニガメの成人後の体型は比較的に大きく、排泄物も比較的に多く、飼育者が水質をきれいにしたいなら、まず飼育密度を減らし、ワニガメに大きな活動空間を与える。
2、水域環境の拡大：飼育密度を下げると、飼育者は水域環境を拡大することができる。水域環境が大きくなればなるほど、水質悪化の速度が遅くなるからである。さらにワニガメは深水飼いに適しており、飼育者は水位を背甲の高さの2−3倍に抑えることができる。
3、給餌頻度の低下：食品残渣や糞便は水質悪化の主な原因である。水質の悪化が早い場合、飼育者はタイミングを合わせて定量的に与える必要がある。1回に与えられた食品を5−10分以内に食べ終えることができ、食品残渣の発生を減らすことで、水質をきれいに保つことができる。
4、ろ過設備の追加：飼育者は循環ろ過システムを設置することができて、いくつかの水草を栽培することができて、またいくつかの食腐動物を飼育することができます。硝化細菌を前段階でしっかり培養すれば、水質を安定させることができる。
ワニガメの好む水温は28−31℃であるが、わが国では夏場にしかこのような温度に達しないため、飼育者は容器内に加熱棒を取り付け、水温を安定させた方がよい。
