水槽が臭くなったら、まずこまめに入れ替えることです。通常は1週間に1回、水を入れ替えるたびに4分の1程度を入れ替える必要があります。水を入れ替える量が少ないと効果が出ませんが、入れ替える量が多すぎると、同様に魚に刺激を与えます。注意したいのは、水を入れ替える前後の温度を合わせることです。
水槽の臭気の原因はアンモニア性窒素の含有量が高すぎることで、アンモニア性窒素は有機物が分解されて発生したもので、有機物は一般的に私たちが給餌する魚の餌、および魚の消化後に排出された糞尿で、給餌量を減らすことによって、残餌と糞尿の含有量をコントロールすることができて、水の臭気を避けることができます。
臭気の原因はアンモニア性窒素であると述べたが、アンモニア性窒素を解決するもう一つの方法は硝化系を確立することである。硝化系は硝化細菌で構成されており、アンモニア性窒素を硝酸塩に変えることができるため、水は臭くなく、また硝酸塩は水生植物の養分として吸収される。
水草は水質を改善する作用があり、しかも光合成によって酸素を放出することができ、酸素の含有量が増加することで嫌気性菌の繁殖を避けることができ、それによって水の臭気を避けることができる。注意が必要なのは、水草は必ず適切な品種を選択することであり、これはシリンダー内の状況と受光の程度に依存していることである。