黄骨魚は我が国で比較的によく見られる魚の一種であり、多くの水系に分布している。ホオズキは流速が緩やかな場所を好むため、ホオズキはゆっくりと流れる水域、特に河川や湖沼の浅瀬に広く分布している。餌の充足度から見ると、ホオズキは餌が充足している水域に好んで生息しており、このような水域では一般的にヘドロが多く、あるいは生育する水草が旺盛であり、その近くにホオズキが生息していると考えられる。ホオズキは、昼間は岩の陰や山の中に隠れていたが、夜になってから活動するようになり、捕食などの生命活動も夜に行われるようになった。
キキョウは特に水温が求められるわけではないので、水温の高い南にも、寒い北にも比較的広く分布しています。黄骨魚が具体的に生息する水域は比較的多く、たとえば南方地区の長江、福建江、湘江、華北地区の黄河、ひいては東北地区の黒竜江と松花江にも黄骨魚が生息している。
すでに紹介したように、黄骨魚は我が国の淡水流域に生息しており、しかも流れが緩やかで泥が多い、あるいは水草が多い場所に生息している。そのため、分類から見るとキイロハオは淡水魚であり、淡水に生息しています。一般的には海水には入らないため、海水魚ではありません。海水魚と淡水魚の境目ははっきりしており、体の構造や生活習性にも大きな違いがある。
