ブラジルカメを養殖する際には、水の問題が重要である。ブラジルのカメは水の中で飼うことができて、それらは長期にわたって非常に乾燥した環境の中で生活することができません。ただ、水の中で育てる必要があるとはいえ、その過程で水位には特に注意が必要です。ブラジルのカメは純粋な水のカメではないので、肺で呼吸する必要があるので、水位が高すぎてはいけません。水が殻を通らなければいいので、普段は浅水で養殖したほうが効果的です。
一般的に、幼亀の場合は水温が5センチを超えないようにし、成年期の水位はブラジル亀の体型に合わせて調整することができます。また，定期的な水換えが必要であり，一般に浄化装置があれば15日程度，なければ2−4日程度で交換できる。水を取り替える水も水質に注意しなければならない。水道水は日に焼けてから使うことができ、塩素ガスがブラジルのカメにダメージを与えないようにしなければならない。
上で述べたように、ブラジル亀は肺で呼吸する必要がある亀なので、長時間水に浸かることはできません。浅い水の中で育てることができ、頭を上げると空気を呼吸することができます。また、定期的に容器から出して、ずっと水に浸からないようにすることもできます。また、特に注意しなければならないのが冬眠時期です。この時はブラジルのカメを水に浸けてはいけませんが、乾燥しすぎてはいけません。湿っぽい環境を作るのが最適です。
