水槽内に緑藻が生えるのを防ぐには、適度に日陰を遮るのが一番です。緑藻の成長には十分な光が欠かせないため、光不足による魚の成長への影響が懸念される場合は、シリンダー内に専用の照明器具を設置し、毎日一定時間点灯することで、藻の成長を促進することはありません。
水体の栄養が過剰になると、藻類は爆発しやすい。これは一般に餌の与えすぎによるもので，食べたものは排泄物となり，食べなかったものは残餌となり，分解後に発生するアンモニア性窒素は藻類が成長する養分であり，投与を減らすことで抑制することができる。
多くの道具魚は藻を食べる特性を持っている。よく見られるのは青苔鼠、黒線飛狐、ポケモン魚などである。いずれも藻を食べる。幼魚の時期にしか食べないものもあるが、大人になると交換するものもある。また、魚の餌を食べた後は藻を食べないものもあるので、必ず投与を控える。
藻屑除去剤は緑藻を消滅させるだけでなく、使用量をコントロールすれば、藻類の爆発を予防する役割を果たすことができる。よく使われる除藻剤はグルタルジオンで、通常100リットルの水に2%濃度のグルタルジオンを2~5 ml添加すると予防効果が期待できます。藻が爆発した場合は、量を増やす必要があります。
