スッポンはいつも水の中にいて、多くの人はそのためスッポンが水を出す必要はなく、ずっと水の中にいることができると思っています。実は、スッポンも定期的に水を出す必要があります。呼吸は水の中ではできないので、水面の上で行う必要があります。スッポンに使われている呼吸器官はよく知られています。肺で呼吸しています。人間や他の多くの哺乳類の呼吸器官と同じです。また、スッポンには鰓(えら)状の組織があり、同時に皮膚にも呼吸を補助する働きがある。
スッポンの呼吸は人間や他の多くの動物とは異なり、スッポンは1回の呼吸の後、長い間水に潜ることができます。人間はずっと呼吸する必要があり、息を止めることができる時間が短く、スッポンはスッポンを吸うことができる時間が長い。一般的には、1回の呼吸の後、水の中で30分から1時間息を止めることができます。また、水性の良いスッポンもあり、数時間続けることができます。
上ですでに紹介したように、スッポンは一回呼吸した後に水の中で息を止めることができる時間は比較的に長く、一般的に30分から1時間、水性の良いものは数時間続けることができます。しかし、いくら水性が良くても、水を出して呼吸する必要があります。長時間水に浸かっていると、命を脅かすこともある。人工的に飼育すれば、わざわざ台を用意して、上に登って呼吸できるようにすることができます。