黒マリ魚は卵生でも胎生でもない。卵胎生という特殊な方法で繁殖します。彼らが繁殖するとき、オスはメスの繁殖穴に生殖器を入れて精子を排出し、そのとき卵はメス内で受精を終える。魚卵は受精に成功すると、すぐに生まれるのではなく、一定期間、母体の中で発育し、成熟してから母体から生まれる。
卵胎生と胎生のはっきりとした違いは、子と母体の関係です。胎生の動物は、母体と子をへその緒でつないでいます。子も、母体からの栄養をへその緒で得ています。卵胎生とは違い、子はビテロキサンチンによって栄養を得ており、母体とのつながりはあまりない。
上記で述べたように、黒マリは卵胎生の魚なので、産出量はそれほど多くありません。一般的に、ブラックメリーフィッシュは1回の出産で40~100匹の小魚を生産することができる。もちろん、一度に200匹の小魚を生産できる生殖能力の高いメリーフィッシュもいる。生産数は多いものの、生存率はそれほど高くないので、繁殖数もそれほど多くはありません。メリーフィッシュの子は環境への適応力が低く、飼育者は安定して快適な生活環境を用意する必要がある。