グッピーの3世代以内の近親繁殖には大きな問題はないが、逆に3世代以内の繁殖はグッピー品種の純正性を保証する。また、近親繁殖は親魚の特徴を残すこともでき、親魚の特徴を子孫によりはっきりさせることができる。
しかし、グッピーは近親繁殖が3世代を超えると、遺伝子が退化することがある。例えば繁殖した子孫は体が大きくなり、大人になってからも大きくならない。また、繁殖した子孫は体質が悪くなったり、病弱になったりする可能性もある。ひどくなると死産することもあります。
グッピーは卵胎生の魚で、それらが繁殖した子孫の性別は制御することができません。通常、グッピーが雄を繁殖させる割合は少なく、全体の3分の1程度にとどまるのが一般的だ。母魚の割合が多く、総水量の3分の2を占めることができます。単に人為的なやり方だけでは、それらの性別を正確にコントロールすることはできない。
グッピーの性別を正確にコントロールすることはできないが、飼育者は水温によって繁殖の性別をコントロールすることができる。もっとオスを繁殖させたい場合は、水温を26℃以上に上げるといいでしょう。水温を少し高くすると、オスが繁殖する確率が高くなります。
