グッピーの近親繁殖は3世代を超えない限り大きな問題は生じないが、近親繁殖は品種の純正性を保証するので、飼育者が3世代以内に近親繁殖していれば、大きな問題は生じない。しかし、近親繁殖が3世代を超えると、遺伝子が退化する可能性がある。さらに3世代を超えると、彼らが繁殖させた子孫の質も悪くなる。例えば、3世代以降に近親繁殖したグッピーの小魚は大きく成長しない場合もあれば、死産する場合もある。
1、単独飼育：飼育者はグッピー品種の純正性を保証したいなら、それらを単独飼育することが望ましい。繁殖の際にも、同品種のグッピーを選んで交配する。繁殖した小魚も別々に育てることで、自然繁殖を避けることができる。
2、複数匹の飼育：グッピーは同品種を交配することで純正性が保証されるが、飼育者は一対のグッピーを常に繁殖させることはできない。近親繁殖による遺伝子の劣化を避けるためには、純正のグッピーを複数種多様にすることが望ましい。しかし純血種のグッピーは価格が比較的高く、飼育者は養殖の際に死んでしまわないように細心の注意を払う必要がある。
