1、準備孵化箱:ワニガメは卵を産んだ後に孵化して、今は一般的にすべて人工孵化を採用します。ふ化する際にはまず、適切な大きさのふ化箱を用意する。箱の一番下に発泡板を敷きますが、発泡板には小さな穴を開けます。さらに粗い砂を敷き、一番上に細かい砂を2層敷き、最後に卵を砂の上に乗せるだけ。卵と卵との間隔が大きめになるように注意しましょう。
2、孵化環境の制御:ワニガメ卵が孵化する際には、孵化ケース内の温度を28−30℃、湿度も81%−85%に保つ必要がある。砂の含水率は7〜8%であることが好ましい。
3、定期検査:インキュベーションボックス内の環境が整い次第インキュベーションを開始するが、インキュベーション期間中、飼育者は定期的に観察する必要があり、砂が白くなっているのが見つかれば水不足となるため、適宜水を噴霧する。また、定期的に懐中電灯で卵を照らし、壊れて他の卵に影響が出ないようにしましょう。
孵化したばかりのワニガメは腹甲にへその緒がついているので、砂やバーミキュライトの上で数日間飼育する必要があり、へその緒が外れたら水中で飼育できるようになる。
生まれたばかりのワニガメは、へその緒にビテロキサンチンがついているので、すぐに餌を与える必要はありません。吸収が終わったら、小魚や小エビのすり身を与えるといい。